大蔥鏽病可用烯唑醇，腈菌唑等，丙環唑，苯醚丙環唑等農藥防治。合理輪作將蔥種植在新的田地中，避免連作。1是實施輪作，與非百合科蔬菜實行2年輪作，2是藥劑防治，用百分之八十代森猛鋅可溼性粉劑600倍液噴霧。大蔥鏽病發病時可用，烯唑酮，戊唑醇，代森錳鋅，苯醚甲環唑等藥劑噴霧。合理輪作，勤施薄肥，病害嚴重時噴施除菌藥劑。選抗病品種，加強管理，發現病珠及時清楚，可用藥物防治。實行輪作，發病初可以使用百菌清進行防治。
