一般危害玉米苗最大的就是地老虎，蠐螬等這樣的底下害蟲，之後在是一些薊馬，卷葉蟲等這樣危害葉子的害蟲，最後就是腐根病，苗枯病等一些病害。一旦管理不好這些病蟲害，就會對玉米苗的危害非常的大。大多數的時候，一般都會用辛硫磷來進行灌根；用吡蟲啉來防治地上的害蟲；使用多菌靈可以防治苗枯病；使用代森錳鋅可以防治根腐病。玉米苗期的病害一般都是地下害蟲。玉米苗期主要防治金針蟲等地下害蟲。一般農藥隨肥下地。玉米苗期防治病蟲害，需要提前預防藥物控制。
