①冷害熱帶水果在不適宜的低溫下出現的生理失調，通常稱為冷害。番木瓜在5℃甚至一些品種在10℃下貯：藏時常會出現冷害症狀，導致品質下降，足以明顯地引起消費者完全拒絕購買產品。番木瓜的冷害症狀包括果實不能正常地後熟或後熟減弱，果皮綠色持久，果面凹陷，果肉不能正常轉色（轉黃或紅），果肉組織內部積水，蔗糖停止水解為還原糖，果實受真菌侵染的敏感性增加，另外，冷害症狀還應該包括腐爛的敏感表現。如果貯藏於不太低的溫度下而番木瓜遭受冷害，這可能是由於一些品種的貯藏時間過長的緣故。因為冷害是與溫度和時間相關的，在較低溫度下誘導冷害需要暴露的時間較短，另外，未成熟的番木瓜果實較容易遭受冷害，而在果實後熟階段則是明顯地減少冷害的一個因素。在3/4旭顏色變化成熟時採收的蘇勞品種番木瓜果實，果實能夠在7℃下貯藏21天，較少成熟度的果實在低於20℃溫度下便遭受冷害，並且喪失商品品質：在不同溫度下貯藏番木瓜果實，發現在10℃或更低溫度下貯藏番木瓜不能後熟，而在15℃下貯藏的果實則成功保持了果實的品質。其他一些研究報道，也說明番木瓜貯藏在7℃下有嚴重冷害發生。因此，有人推薦以12℃作為貯藏番木瓜的臨界溫度，貯藏期不超過2周。而在較長時間或低於12℃溫度下貯藏則可能發生冷害。
②病害和蟲害
a.番木瓜果實腐爛病炭疽病是番木瓜採後主要病害之一，由病菌引起，在果實生長期間，病菌就可以直接侵入而感染，但是卻不表現出病狀.因為這個時候果實幾乎有完全的免疫性。在果實呼吸率大約開始躍變升高的時候，感染仍然是潛伏的。在果園中果實發育期間噴施殺菌劑，對此病不能完全控制，需要用採後熱處理加以殺滅，能顯著地減少疾病的發生，獲得滿意的控制效果。蒂腐病是採後番木瓜貯藏的另一個較大的問題，例如，從夏威夷運銷美國本土的番木瓜的蒂腐病發病率比較高，引起顯著的腐爛。通常在採收時果蒂的切割口會遭受侵入感染，也可從果實的傷口、果蒂的裂縫入侵造成感染而致果實腐爛。引起番木瓜蒂腐病最普通的是真菌Ascodhytacarivae-papaya；其他病菌如Botryodiplodiatheobromae，sitica等同樣可以引起潛伏的果實腐爛。此外，尚有Rhizopus引起的軟腐病和Chaetromiumgolubossum、Fusariumsolami等引起的採後腐爛。
b.番木瓜採後腐爛的控制TBZ（噻苯唑）在商業上應用於控制許多水果和蔬菜的腐爛。具體做法是把2克TBZ加入1升棕櫚蠟（蠟：水為1：3）備用。在將54℃熱水噴射番木瓜果實1.5分鐘後。立即用吸球管每果吸放0.6毫升蠟-TBZ懸浮液，用手塗布蠟液於整個果面（可戴塑料手套保護）。這樣操作使每個果獲得2毫克／千克的TBZ，這個水平的殘留範圍通常是商業上其他水果所推薦的。處理果實在10℃下貯藏14天。然後在室溫（18～23℃）下後熟5天或6天，獲得對採後炭疽病、蒂腐病、軟腐病等高效的控制。
c.果蠅的危害及其殺滅危害採後番木瓜的果蠅已經發現有多種。如地中海果蠅、東方果蠅、甜瓜果蠅等。由於果蠅在番木瓜內產卵，孵化後幼蟲蛀食果肉，最後穿洞離開，把果肉破壞，並引起果實發育上的缺陷，使入侵的真菌菌絲和細菌在果肉內部引起水漬病理和變色等問題。過去，認為熱水處理番木瓜可以殺菌治病，又能撲滅果蠅而起到防疫處理的作用，然而，單純的熱水處理對殺滅果蠅未必能夠令人滿意。可以結合其他處理進行防治。番木瓜在47℃熱水中浸果20分鐘，然後用流水冷卻，再後在溫度不低於21℃下用8克／米3劑量的二溴化乙烯燻蒸2小時，這樣的聯合處理控制了果蠅，並有除去採收時由果實產生的膠乳的好處。在進行熱水處理時，如果果實溫度比較低，推薦使用溫度49℃的熱水。雖然49℃的溫度足以引起果實傷害，但是相當冷的果實迅速地降低熱水的溫度而達到安全水平（46～47℃）。
