吳茱萸一般是在8-9月份果實成熟並且呈橙色的時候即可採收。採收時把果穗成串摘下，在陽光下晾晒，晾乾之後揉去果柄並顛去雜質，並在通風處乾燥儲存。在採收的時候，不要損傷結果的枝條以免影響下一年吳茱萸的產量。
吳茱萸在栽植後到採收的時間是比較長的，大約需要3-5年左右。所以在種植過程中我們是無法保證其產量的，遇到一些水災等自然災害的時候，會嚴重影響吳茱萸的產量。然後便是銷路了，我們在種植前一定要聯絡好銷路。否則你品質再好、產量再高，賣不出去也是徒勞，幾乎沒有種植效益。這些都是種植吳茱萸主要的風險，所以我們絕不可盲目種植，避免導致種植失敗。
