1、木黴：木黴在4℃~42℃內都能生長，孢於萌發後喜高溼環境。侵害香菇培養基時，初期為白色棉絮狀，後期變為綠色。菌種如果被木黴危害，必須報廢。一旦發生木黴，要立即通風降溼，以抑制木黴菌的擴充套件。處於發菌階段的培養料感病以後，可採用注射藥液的方法抑制木黴擴張。常用的藥物有5%的石碳酸、2%的甲醛、1:200倍50%的多菌靈、75%的甲基託市津、PH值為10的石灰水。此外，在汙染處撒石灰面，防治的效果很好。
2、鏈孢黴：鏈孢黴生長初期呈絨毛狀，為白色或灰色，生長後期呈粉紅色或黃色。鏈孢黴主要以分生孢子傳播，是高溫季節發生的重要雜菌。鏈孢黴菌絲頑強有力，有快速繁殖的特性。防治鏈孢黴，應避免在高溫季節生產。在香菇發菌階段溫度最好控制在20℃以下，這樣鏈孢黴生長緩慢，可減少汙染。發菌場所潮溼也有助於鏈孢黴的發生，控制好發菌場所的溼度就可以有效地防止鏈孢黴的發生。如果出現鏈孢黴，可在分生孢子團上滴上柴油，以防止鏈孢黴的擴散。菌袋發菌後期發生鏈孢黴時，可將受害菌袋埋入30～40釐米深、透氣性差的土壤中，經10~20天缺氧處理後，可有效減輕病害，菌袋仍可出菇。
3、毛黴：又叫黑黴、長毛黴，菌絲生長初期為白色，後為灰白色或黑色。在溫度較高、溼度較大、通風不良的條件下發生率高。其生長速度明顯高於香菇菌絲，毛黴菌絲體每日可延伸3釐米左右。毛黴在香菇菌絲體培養期間浸染時，蔓延速度快，數日內便能佈滿基質，而受害的香菇菌絲則生長緩慢，儘管最終仍能伸達基質各處，但香菇菌絲不會呈正常的濃白色，而是呈灰黃色。防治方法：可採用注射藥液的方法抑制毛黴擴張。常用的藥物有5%的石碳酸、2%的甲醛、1:200倍50%的多菌靈、75%的甲基託市津、PH值為10的石灰水。
4、蟎類：蟎類包括紅蜘蛛、菌蝨。蟎類在香菇生產的各個階段均可發生，主要危害香菇的菌絲體及子實體。對發生蟎害的培菌室，在重新使用前應用敵敵畏等藥物燻蒸殺蟎。菌絲體在培養期間可噴灑1000倍液的三氯殺蟎醇或500倍液的克蟎特。子實體在培育期間不宜用藥，否則菇體易產生藥害，食用後會危害人體健康。
