病原菌主要以菌核在土壤中越冬，也能以菌核和菌絲體在病株殘體中越冬。翌年越冬菌核萌發，產生菌絲侵染穀子幼苗或成株莖基部，此後發病部位逐漸上升，並在發病部位生成菌絲和菌核。菌核隨氣流、雨水或灌溉水傳播，接觸健株，菌絲則通過病、健葉片之間的接觸而傳播，都可引起再侵染。病原菌主要土壤傳播，其次是通過種子傳播，再次就是通過空氣傳播。病原菌傳播首先是通過土壤傳播，其次是通過種子傳播，再次通過空氣傳播。穀子紋枯病主要是雨水和昆蟲傳播。用井岡黴素.紋枯利等進行葉面噴霧。
