病種、病殘體和土壤是主要的初侵染源。
油菜黑腐病的初侵染源主要是帶病的種子，土壤和病株殘體。
該菌在種子上或遺留在土壤中的病殘體內及採種株上越冬。如播帶病種子，麥苗出土時依附在子葉上的病菌從子葉邊際的水孔或創傷侵入，引起發病。成株葉片患病，病原在薄壁細胞內繁衍，再迅速進入維管束，引起葉片發病，再從葉片維管束延伸至莖部維管束，引致體系侵染。採種株患病，由果責任上維管束侵入，進入種子皮層或經莢皮的維管束進入種臍，致種內帶菌。此外也可隨病殘體碎片混入或附著在種子上，致種外帶菌，病菌在種子上可存活28個月，成為遠距離傳達的首要途徑。在生長時間首要通過病株、肥料、風雨或耕具等傳達延伸。
