微量元素肥料主要是無機鹽類或氧化物，一些礦物、冶金的副產物或廢料，常常可以用做微量元素肥料的原料，其生產方法與無機化工產品的生產方法相同。此外，還有兩種形態的微量元素肥料：一種是含有微量營養元素的玻璃態物質，由相應的無機鹽或氧化物與二氧化硅共熔製成；另一種是金屬元素的螯合物，例如銅、鐵、錳和鋅與乙二胺四乙酸(EDTA)製成的螯合物。這種螯合態微量元素肥料的使用效果好、速效，但是成本很高，尚未廣泛使用。
由於單位面積的施用量很小，所以一定要用大量惰性物質稀釋後才能施用，施用不均勻時會毒害部分作物。微量元素肥料常需混入常量肥料中一起施用。通常採用兩種方法：在生產常量顆粒肥料中混入。這種方法比較方便、經濟，不會產生養分不均勻現象，缺點是靈活性較差，難以滿足市場的多種要求；把微量元素肥料粉末塗包在常量顆粒肥料的表面。這種操作可在二次加工廠進行，可隨時滿足市場的需要。常量顆粒肥料與微量元素肥料在小型混合器內混合約1分鐘，然後噴入少量的油、水或微量元素鹽類的水溶液，並繼續混合，產品仍保持外觀乾燥。
微量元素肥料施用方法有土壤施用和葉面噴施兩種。
土壤施肥常用的微肥除化學肥料外(如硼砂、硫酸鋅、硫酸錳等)，還有玻璃肥料、礦渣或下腳料，通常都用做基肥或種肥。其施用方法為：在播種前結合整地施入土中，或者與氮、磷、鉀等化肥混合在一起，均勻施入，施用量要根據作物和微肥種類而定，一般不宜過大。如對水稻，硫酸鋅每畝施用1公斤，硼砂一般每畝用0.5公斤至1公斤，並要與廄肥等有機肥混合均勻基施，防止集中施用造成局部危害。
根外追肥將可溶性微肥配成一定濃度的水溶液，對作物莖葉進行噴施。這種方法的優點是避免土壤中肥料不均勻造成危害，同時也可以在作物的不同發育階段，根據具體的需要進行多次噴施，以提高肥效。有條件的地區在大面積施用時可採用機械操作或飛機噴灑，一般噴灑濃度為0.01%至0.05%。
此外，播種前用微量元素的水溶液浸泡種子或拌種，這也是一種最經濟、有效的使用方法，可大大節省用肥量。
