雜交晚稻對水分要求比較嚴格，不同生育期需水量不同。為保證雜交晚稻穩產高產，應針對不同生育期，實行科學的水分管理。
分櫱期實行淺水勤灌。分櫱期淺水勤灌，能使雜交晚稻植株基部透光良好，陽光可直接照射稻株基部，提高水温和土温，增加土壤中氧氣，促使根系發育，提高吸肥能力，促進早發分櫱，提高分櫱成穗率。灌水深度，因天氣制宜，一般為3釐米-5釐米，以陰雨天氣稍淺，高温乾旱天氣稍深為宜。
足苗期及時排水擱田。分櫱後期，當雜交晚稻每畝總苗數達到20萬-23萬株時，應及時排水擱田，以控制無效分櫱，有利於主莖和大櫱優生快長，以達到穗多，穗大，籽粒飽滿，千粒重高的目的。擱田應掌握天氣特點，陰雨天氣多，擱田困難，擱田時間可長一些，並要抓緊晴天早擱田，或爭取間隙晴天擱田；乾旱天氣，水利條件較差或缺水的地方，可輕擱或免擱田。
幼穗分化期淺水常灌。幼穗分化期如果水分不足，會減少小穗數，造成穎花退化和穗粒數減少。若灌水過多、過深，又會使稻株莖部柔軟，容易引起倒伏，一般保持水層6釐米-8釐米為宜；遇乾旱天氣，水層可以稍深些。多陰雨天氣或地下水位高，或稻苗有貪青現象的田塊，可採取濕潤灌溉，保持乾乾濕濕。雜交晚稻幼穗分化期不耐低温，當遇到強冷空氣來臨時，要灌深水，保持一定的深水層，以穩定土温，避免低温影響幼穗發育。如遇颱風洪澇，應及時排水，邊排水邊洗苗，洗去稻株莖葉上的污泥。
孕穗始穗期保持水層。孕穗始穗期應保持8釐米-10釐米的深水層，以調節土温，提高株間的空氣濕度，促使在“秋分”前1天-2天齊穗。遇寒露來臨時，應灌深水以保温。
灌漿乳熟期乾濕交替。灌漿乳熟期是雜交晚稻籽粒充實的關鍵時期，若遇乾旱缺水，會引起葉片早衰，光合作用效率下降，影響籽粒飽滿。如果保持深水層，土壤中氧氣減少，影響後期根系活力，也會引起葉片早衰，致使灌漿不良。因此，在灌漿乳熟期要保持土壤濕潤為宜，應採取“跑馬水”的辦法，做到灌水不積水，斷水不缺水，乾濕交替，以温為主，以利籽粒飽滿。在黃熟期以後，需水量大大減少，此期切忌田間積水，以促進成熟，方便收割。
