小麥莖基腐病主要危害小麥主莖和分櫱莖，病原菌多從衰敗的芽鞘侵入地下莖內，向上擴展至分櫱節，隨着病情的發展，病斑逐漸擴展至小麥莖基部。造成幼苗莖基部葉鞘和莖稈變褐，嚴重時引起麥苗發黃死亡，春季返青後，病斑向上擴展，在莖基部節間形成茶褐色的病斑，拔節抽穗期，感病植株莖基部變為褐色，田間濕度大時莖節處可見紅色黴層，小麥抽穗後逐漸顯現，表現為植株矮化，萎焉、青枯、和乾枯，灌漿期典型症狀為“白穗”，籽粒秕痩或無粒，莖基部為黑褐色腐爛。
此病主要危害小麥莖基部的1、2節葉鞘。被危害的葉鞘會變成褐色或黑褐色，而且葉片和根部的營養交換會被阻攔，會出現弱株或死苗，濕度大時出現紅色或白色黴層。
