1、準備工作：挑選飽滿種子，將水分控制在11-12%以下，入庫前使用55-60℃熱空氣處理30分鐘左右。
2、管理工作：定期檢查種子溫度，保證種溫在15℃以下，同時根據倉庫內外的溫度以及相對溼度進行通風。
一、準備工作
1、選擇飽滿成熟的霜前棉花種子進行儲存。原因：飽滿成熟的棉花種子種皮結構緻密而堅硬，外表有蠟質，可以抵禦外界氣溫、溼度的影響，並且種皮內含7.6%鞣酸物質，具有一定的抗菌作用。
2、將混雜在優質種子中的破損棉籽、黴爛棉籽以及病蟲害棉籽去掉。
3、棉花種子水分含量不宜超過11-12%（北方不超過12%，南方不超過11%），棉花種子淨度保持在99.5%以上，發芽率保持在80%以上。
4、全面檢查、清理儲存倉庫，並使用敵百蟲或敵敵畏對空倉庫進行處理。
5、在入庫之前，使用55-60℃熱空氣進行處理，大約持續30分鐘左右，或者是使用磷化鋁進行燻蒸。
二、管理工作
1、棉花種子堆放時，垛與垛之間間隔60cm左右，垛與牆壁之間間隔50cm左右。
2、9-10月份，每天檢查一次溫度。入冬之後，如果種子水分含量保持在11%以下，則每隔5-10天檢查一次倉庫溫度。如果種子水分含量在12%以下，則每天檢查一次。檢查時，於倉庫內的不同地點、不同層次進行檢查，保證種子溫度不超過15℃。
3、根據倉庫內外的溫度以及相對溼度進行通風。如果外界溫度和溼度均低於倉庫內部，為通風的最佳時機，既可以降溫又可以降低溼度。當倉庫內外溫度保持一致，但是外界溼度低於倉庫內部溼度時，通風散溼。當倉庫內外溼度基本保持一致，但外界溫度低於倉庫內部溫度時，通風降溫。
4、定期檢查棉花種子的質量，檢測專案包括種子發芽率測定、水分含量測定、遊離脂肪酸測定、健子率測定。
5、在儲存過程中，嚴禁火種靠近棉花種子存放倉庫。
