水田淹水期不宜施用硝態氮肥、碳酸氫銨、含有硝酸根的氮肥、人畜糞尿等氮肥，因為硝態氮肥是速效性氮肥，易溶於水，而且會產生硝酸根陰離子與相應的陽離子。水稻淹水期可以施用銨態氮肥，這樣可以提高氮肥利用率，但是最好不要直接撒施在水層裡。可以在進行涼田的時候將銨態氮施入到土壤裡，最好施入土壤還原層，提高施肥效果。
一、水稻淹水期不宜施哪種氮肥
1、水田淹水期不能使用硝態氮肥、碳酸氫銨、含有硝酸根、人畜糞尿等氮肥。因為硝態氮肥屬於速效性氮肥，易溶於水，而且還會產生硝酸根陰離子與相應的陽離子。
2、水稻淹水期可以使用銨態氮肥，這樣能提高氮肥的利用率，但是一定不能將其直接撒施在水層裡。銨態氮主要包括人糞尿、碳酸氫銨、氯化銨、硫酸銨等，這些銨態氮遇水會分解成銨離子，可以被土壤顆粒直接吸附，也能被水稻根系直接進行吸收利用，但是在水層裡會被蒸發一部分，從而降低肥效。
3、銨態氮撒施到水田裡面會有一部分肥料粘在幼嫩的生長點和葉片上，這時容易發生燒苗現象。正確的做法是在進行涼田時將銨態氮施入到土壤裡，一定要施入土壤還原層，可以提高施肥的效果。
二、水稻淹水期後爛根的原因
1、水稻育秧期間如果長期被水淹，就會出現爛種爛秧，其原因是根細胞在缺氧條件下就會進行無氧呼吸，產生酒精，從而對根產生毒害作用。
2、水稻苗期耐淹能力會很強，淹水4天內基本上不會受影響，淹沒6-8天左右，出水後葉片會出現乾枯死亡，但心葉未死大部分苗可以恢復生長。出水後秧苗的黑根就會很多、苗矮小，分蕖少，基莖窄，抗病力弱。
3、水稻在分蕖至拔節期受淹時，生育程序就會停止。出水後株高會開始變矮；高位分蕖出生增多，成穗的比重會增大；抽穗期拉長，生育期推後延遲2-3天左右。淹沒4天內產量損失會比較小，4天以上損失顯著加大，一般減產2-3成，直至絕收。
