高錳酸鉀和多菌靈各有優缺點，沒有所謂的哪種更好。高錳酸鉀鉀屬於強氧化劑，一般用於種子、盆缽和土壤殺菌消毒，它分解出來的純氧可以殺死一切細菌，但作用時間比較短，只有2個小時。多菌靈是一種運用比較廣泛的殺菌藥劑，藥效可持續大概7天左右，但很多細菌都會對它產生抗藥性，因此難以完全根除，而且具有低毒，在使用時要多加小心。
一、高錳酸鉀
1、高錳酸鉀一般用於種子、盆缽、土壤的殺菌消毒，作為一種強氧化劑，它具有非常強的氧化作用，分解出來的純氧可以殺死一切細菌，土壤中不會存在任何菌類，能起到徹底殺蟲殺菌的效果，但作用時間只有2個小時左右。
2、高錳酸鉀為黑紫色結晶，帶藍色的金屬光澤，無臭，與某些有機物或易氧化物接觸，易發生爆炸，溶於水、鹼液，微溶於甲醇、丙酮、硫酸。在養花時主要利用的是高錳酸鉀的滅菌作用，能夠使花草安全健壯生長。
二、多菌靈
1、多菌靈是一種運用比較廣泛的殺菌藥劑，對多種真菌引起的病害有防治效果，多用於花卉植物殺菌，也可用於種子、盆缽、土壤殺菌消毒。多菌靈的持效期較長，一般可持續大概7天左右，但很多細菌都會對它產生抗藥性，難以完全根除。
2、多菌靈可用於葉面噴霧、種子處理和土壤處理等，對人、畜、魚類、蜜蜂等低毒，對面板和眼睛有刺激，經口中毒出現頭昏、噁心、嘔吐等症狀，因此在使用時要多加小心。
3、多菌靈純品為白色結晶固體，可溶於無機酸及醋酸，並形成相應的鹽，不溶於水，微溶於丙酮、氯仿和其他有機溶劑。
