多菌靈的使用效果一般比百菌清更好，因為多菌靈的內部吸收能力更強。
對植物噴施百菌清之後，其體表會產生一層不易被雨水沖走的藥膜，隨即通過觸殺作用殺滅病菌，而多菌靈具有內吸性和保護能力，噴施後可被植物吸收，並在其體內傳導發揮作用。
百菌清適合灌根，多菌靈適合葉面噴霧，噴施後其持效時間比百菌清更久。
一、百菌清和多菌靈哪個好
百菌清和多菌靈相比，後者的使用效果一般更好，原因如下：
1、百菌清和多菌靈都屬於廣譜殺菌劑，前者噴在植物上面後，會在體表產生良好的附著力，不易被雨水沖走。後者具有內吸性和保護能力，噴施後可被植物吸收，並通過體內傳導發揮出效果。
2、從使用角度來看，百菌清和多菌靈基本一致，但百菌清更適合根部灌溉，而多菌靈更適合葉面噴霧，而且在葉片上的附著力較強，持效時間較長。
3、綜上所述，多菌靈對患病葉片的治療效果強於百菌清，且內部吸收能力也更強。
二、百菌清與多菌靈的區別
1、殺菌廣譜性不同
（1）百菌清：主要防治物件為鞭毛菌亞門、半知菌亞門等病菌引發的病害，比如葉黴病、葉斑病、潰瘍病、疫病、霜黴病、晚疫病、炭疽病、茶餅病、網餅病、黑斑病、斑枯病等。
（2）多菌靈：主要防治物件為擔子菌亞門、子囊菌亞門、半知菌亞門等病菌引發的病害，比如黑斑病、褐斑病、赤黴病、輪紋病、炭疽病、灰黴病、菌核病、白粉病、黑穗病、黑星病等，但是對卵菌、長蠕孢菌、鏈格孢菌等病菌無效。
2、作用機理不同
（1）百菌清：能夠與病原真菌細胞中的三磷酸甘油醛脫氫酶產生反應，並與該酶中含有半胱氨酸的蛋白質相結合，使其失去活性，最終導致病菌因新陳代謝受到破壞而失活。
（2）多菌靈：對菌體細胞的作用類似秋水仙素，能與細胞核中微管蛋白的亞基結合成複合體，阻礙細胞分裂時紡錘絲的正常形成，抑制細胞的有絲分裂，達到殺滅病菌的作用。
3、殺菌方式不同
（1）百菌清：無內吸作用，屬於保護性殺菌劑，施藥後可在植物的葉片、果實等部位的表面形成藥膜，並通過觸殺作用殺滅病菌，持效期為7天左右。
（2）多菌靈：具有保護、治療作用，屬於高效、低毒、內吸性廣譜殺菌劑，植物吸收後會在其體內傳導至其他部分，從而達到持續殺菌的效果，持效期通常可達到30天以上。
4、使用方法不同
（1）百菌清：通常在病害發生前使用，主要用法為噴霧、薰煙，對多種病害具有保護作用。
（2）多菌靈：用法較多，比如拌土、噴霧、浸種、浸根、灌根等。
