由真菌半知菌亞門腐皮鐮孢黴菌侵染引起。病菌以厚垣孢子、菌核或菌絲體在土壤中越冬，成為翌年主要初侵染源，病菌從根莖部或根部傷口侵入，通過雨水或灌溉水進行傳播和蔓延。浙江及長江中下游地區辣椒根腐病的主要發病盛期為3～6月。辣椒的感病生育期在成株期。地勢低窪、排水不良、田間積水、連作及棚內滴水漏水、植株根部受傷的田塊發病嚴重。年度間春季多雨、梅雨期間多雨的年份發病嚴重。
辣椒根腐病發病規律是病菌藉著土壤進入辣椒根部傷口或根尖蔓延葉部。
辣椒根腐病的病原菌為腐皮鐮孢菌，一般在土壤可以存活10年以上，病菌傳播渠道主要靠肥料、工具、雨水及流水傳播。其發生與溫度、溼度關係密切，22℃～26℃最適合發病，溼度越大發病越重，大水漫灌發病重，小水勤澆發病輕。
