當種子萌發後，病菌先侵染芽鞘，後蔓延至幼苗，病部長出的分生孢子，可經風雨傳播，進行再侵染，使病情加重。
一般過早或過晚播種、田間管理粗放、田間雜草多、地下害蟲危害重、瘠薄地或遭受不良環境影響，均會不同程度地誘發該病。麥苗受凍易誘發根腐病；小麥抽穗後遇持續高溫多雨天氣，病害程度明顯加重，種子感病率高。根腐病往往和紋枯病、葉枯病等交織發生，加重對小麥的危害。
小麥根腐病是由種子或土壤中的病菌侵害而引起的。小麥根腐病發病輕重決定於氣候、植株生育狀況，與凍害有密切關係。春季返青後，如突遇降溫、晚霜等倒春寒，可引起麥苗受凍，生長衰弱，病菌易於侵人，病性發生重。
