藥劑防治發現病苗立即拔除，並噴灑25%甲霜靈可溼性粉劑800倍液，或64%防毒礬可溼性粉劑500倍液，或75%百菌清可溼性粉劑600倍液，或40%乙磷鋁可溼性粉劑200倍液，或70%百德富可溼性粉劑600倍液，或70%安泰生（丙森鋅）可溼性粉劑500倍液，或69%安克錳鋅1000倍液，或72.2%普力克水劑400倍液，或70%代森錳鋅可溼性粉劑500倍液，或15%惡黴靈（又名土菌消、土壤散）水劑1000倍液等藥劑，每平方米苗床用配好的藥液2-3升，每7-10天噴1次，連續2-3次。
蕃茄猝倒病要預防為主，可用銅高尚等噴霧。
1:做好苗床土壤消毒，可噴施氯溴異氰尿素等藥劑消毒。2:健身栽培，控制水份。3:以預防為主，可噴施甲霜靈錳鋅等防治低等真菌的藥劑。
在苗床消毒處理、種子處理，可用50%福美雙.拌種靈可溼性粉劑。在發病初期，可用68.75%氟菌.霜黴威懸浮劑800-1200倍液，或69%烯醯嗎啉.代森錳鋅可溼粉1000-1500倍液，噴霧1-2次，隔7天左右再次防治。
