在大蔥生產中由於忽視病蟲害防治，防治技術落後，致使大蔥病蟲害發生及危害日趨嚴重，成為大蔥生產的制約因素之一。1999年以來，經過田間調查和試驗示範，查清了河西走廊大蔥主要病蟲害種類及發生特點，總結出無公害防治技術，取得了良好的防治效果。
一、大蔥主要病蟲種類及發生特點
1．大蔥霜黴病：主要為害葉及花梗。葉片病斑呈卵形或長圓形，淡黃色，稍凹陷，邊緣不明顯。潮溼時，病斑表面長出白色黴層。乾燥時，病斑變為枯斑。葉片中下部被害，則上部葉片下垂乾枯，嚴重時，植株發黃枯死。花梗被害，病斑與葉片相同，容易從病斑處折斷而枯死。
大蔥霜黴病以卵孢子隨病殘體在土壤中越冬，或以菌絲潛伏在鱗莖及側生苗中越冬，種子也可帶菌。卵孢子越冬後，藉助雨水反濺至附近葉片上萌發，產生芽管從氣孔侵入。潛伏的菌絲越冬後直接侵染植株。病斑上產生大量孢子囊，藉助氣流、雨水、昆蟲傳播，進行再侵染。一般白天溫暖、夜晚涼溼、多雨多露天氣有利於發病。地勢低窪、排水不良、土壤粘溼、密度過大、大水漫灌、重茬地塊發病明顯加重。
2．大蔥紫斑病：病斑多從葉尖和花梗中部開始發生，初為黃綠色，稍凹陷，中央微紫色。擴大後呈紡錘形，淡褐色到紫褐色。溼度大時，周圍常見黃色暈圈，並長出深褐色或黑灰色並呈同心輪紋狀排列的粉黴狀物，病部繼續擴大，致全葉變黃枯死或折斷。種株花梗發病率高，致種子皺縮不能成熟。
病菌以菌絲或分生孢子在病殘體或種苗上越冬，第二年發病後，產生分生孢子，借風、雨傳播，經氣孔、傷口或直接穿透表皮侵入。發病適溫為23--27℃，低於10℃一般不發病。在溫暖多溼或陰雨多溼的年份發病較重。沙質土、旱地、重茬地、缺肥、管理粗放、生長勢弱的情況下容易發病。
3．大蔥病毒病：大蔥病毒病又稱蔥萎縮病。發病後，葉片上出現黃綠相間的花斑或長短不一的黃色條斑，葉面凹凸不平，葉尖逐漸黃花，蔥管扭曲變細呈波狀，蠟質減少，葉下垂變黃，植株矮化或萎縮，病毒在病株或鱗莖內越冬，種子也可帶毒。複種一般在8月中旬開始發病，9月份達發病高峰，主要由蚜蟲傳毒，農事操作中的接觸和摩擦也可傳病。苗期高溫乾旱，有翅蚜數量大，連片種植則發病較重。
4．大蔥灰黴病：發病初期在葉片上產生白色至灰褐色斑點，擴大後呈橢圓形，病斑一般由葉尖向下發展，逐漸連成片，使蔥葉捲曲枯死。溼度大時，表面生有大量灰黴。
病菌以菌絲體、菌核和分生孢子隨病殘體或鱗莖借風、雨、灌溉水傳播蔓延。病菌喜低溫高溼，在氣溫15--30℃、空氣相對溼度在75％以上時，發病較重。
5．蔥蛆：又名蔥蠅、蒜蠅。幼蟲在土內群集危害鱗莖，引起腐爛，造成葉片枯黃、萎蔫、缺苗斷壟、成片死亡。該蟲在河西走廊每年發生3--4代，以蛹在土壤或糞肥中越冬。6--7月份成蟲盛發，卵成堆產在蔥葉、鱗莖和周圍1--5cm深的表土中。卵期一般5--7天，孵化的幼蟲很快鑽入鱗莖內危害。幼蟲期15天左右，老熟幼蟲在被害植株周圍的土中化蛹。
6．大蔥潛葉蠅：以幼蟲在葉部組織內蛀食成隧道，呈曲線狀或亂麻狀影響作物生長。該蟲成蟲活潑，常飛翔於蔥株間或棲息於葉筒端，幼蟲可在葉組織中的隧道內自由進退，並在葉筒內外遷移，一般在7--8月份盛發，危害嚴重，致使蔥株枯萎。
二、無公害防治技術
1．選用抗(耐)病品種：通過品種對比試驗表明，掖輻1號大蔥對霜黴病和紫斑病均表現出一定的抗(耐)性，其次是中華巨蔥。
2．選用無病種子，進行種子處理：在無病田塊或無病植株上留種，防止種子帶菌(毒)，必要時在播種前進行種子處理。可用50℃溫水浸種30分種，再浸入冷水中撈出晾乾，或用40％甲醛300倍液浸種3小時，浸後用清水及時洗淨，撈出晾乾即可播種。
3．輪作倒茬：實行與非蔥蒜類作物2年以上的輪作倒茬，可明顯減輕病蟲的危害。
4．加強田間管理，提高植株抗病能力：特別是在大蔥生長季節，一旦發現病株要及時清除，避免田間傳播。在大蔥收穫後，應及時清潔田園，將病殘體清除田間，並燒燬或深埋。
5．及時收穫、低溫收藏，防止病蟲害在貯藏期繼續蔓延：大蔥收穫不宜過早，應在封凍前進行，日平均氣溫下降至5--10℃時，地上部生長明顯停止時進行。收穫和貯藏過程應儘量減少機械損傷。
6．藥劑防治：大蔥霜黴病和紫斑病在發病前或發病初期，用50％多菌靈可溼性粉劑800倍液、75％百茵清可溼性粉劑600倍液和64％防毒礬可溼性粉劑500倍液可起到預防和保護作用。發病後用72．2％普力克水劑、40％乙磷錳鋅可溼性粉劑600倍液、50％甲霜銅可溼性粉劑800倍液交替使用，每隔7--10天噴灑1次，可起到有效的治療作用。
