木瓜根系由於缺氧呼吸時，根系內部的生化反應產生甲醇，由於酒精中毒發生爛根，這種現象多屬苗床積水或土壤板結造成土壤中空氣不足缺氧，因此在整理苗床時要開好畦與畦之間的排水溝，防止苗床雨後受淹。
木瓜幼苗根系幼嫩，施肥時以稀濃度為好，濃度太容易造成幼根吸收不了，反而使幼根細胞內的自由水向外滲透失水死亡而引起爛根，也就是農民常講的“作物被肥料燒死”。因此應做好施肥錯施，合理施肥。
木瓜幼苗根系被線蟲為害後，幼根內部組織受破壞，阻礙了吸收和向植株輸運養份，根部出現大小不同的腫瘤狀導致爛根，病害也會導致根腐病，發現時及時用護樹大將軍+根施通灌根能誘導病毒集結，供護樹大將軍靶向消毒，抑制植株根部病毒傳導式感染及葉片，保證植株輸導系統健康工作。
