木瓜根腐病主要為害根頸部及根部，育苗期和剛定植不久的苗較容易感病。特別是地下水位較高或排水溝不良造成積水、土壤黏性重時易感病。植株發病初期在莖基出現水漬狀，後變褐腐爛，葉片枯萎，植株枯死，拔起植株可見病株的根變褐壞死。園內通風透氣，透光，降地溫溼度，種植地要排水良好，避免積水。避免連作，也不要與蔬菜地連作。定植時不要種植太深。發現病株時要拔除，及時用護樹大將軍+根施通灌根抑制果樹根部病毒傳導式感染及葉片和果實，保養植株輸導系統健康工作。
