專家的多次調查發現：香菇生產的時候，常受到病蟲的危害，如果防治不利，會使香菇栽培陷入惡性迴圈的境地，輕則造成減產，重則栽培失敗，所以，必須引起高度重視。
一、木黴
木黴又稱為綠黴菌，廣泛分佈於各種植物殘體、土壤和空氣中。木黴靠孢子傳播，常藉助氣流、水滴、昆蟲、原料、工具及操作人員的手、衣服等為媒介，侵入培養基內，一旦條件適宜就萌發繁殖為害。當生產環境不清潔、培養料不徹底、接種操作不嚴格，且處於高溫高溼條件時，就給木黴侵染造成良機，尤其是多年的菇場和老菇房，常是木黴猖獗危害的場所。
危害香菇生長的所有雜菌中，木黴威脅。木黴適應性強，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌絲生長。木黴能生長在生長勢減弱的香菇菌絲體上，使香菇組織細胞溶解死亡。
木黴在4～42℃範圍內都能生長，孢子萌發喜高溼環境，侵害香菇培養基時，初期為白色棉絮狀，後期變為綠色。菌種如果被木黴危害，必須報廢，即使輕度感病的菌種也應棄之不惜。
木黴至今沒有理想的根治性，常用的殺菌藥，對木黴只是抑制，而不是殺死，加大藥量，只能同時殺死木黴和香菇菌絲。因此，創造適合香菇菌絲生長而不利於木黴繁殖的生態環境，是控制危害的根本措施。
一旦發生木黴為害，要立即通風降溼，以抑制木黴菌的擴充套件，處於發菌階段的培養料感病以後，可採用注射藥液的方法抑制木黴擴張，常用的藥液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1:200倍的50％多菌靈、75％甲基託布津、pH值為10的石灰水，此外，往汙染處撒白灰面，防治效果也很好。
二、鏈孢黴
鏈孢黴生長初期呈絨毛狀，白色或灰色，生長後期呈粉紅色、黃色。大量分生孢子堆整合團時，外觀與猴頭菌子實體相似，鏈孢黴主要以分生孢子傳播為害，是高溫季節發生的重要雜菌。鏈孢黴菌絲頑強有力，有快速繁殖的特性，一旦大發生，便是滅頂之災，其後果是菌種、培養袋或培養塊成批報廢。
防治鏈孢黴，首先應儘量避免在高溫季節生產。在香菇發菌階段溫度控制在20℃以下，這樣鏈孢黴生長緩慢，可減少汙染。香菇發菌場所潮溼有助於鏈孢黴的發生，所以控制發菌場所的溼度就可以有效地防止鏈孢黴發生。鏈孢黴的防治可參照木黴的防治。菌袋生產時，如果發現鏈孢黴，要在分生孢子團上滴上柴油，可防止鏈孢黴的擴散。菌袋發菌後期受害，一般不要輕意報廢，可將受害菌袋埋入深30－40釐米透氣差的土壤中，經10－20天缺氧處理後，可有效減輕病害，菌袋仍可出菇。
三、毛黴
毛黴又叫黑黴，長毛黴，菌絲初期白色，後灰白色至黑色，說明孢子囊大量成熟。該菌在土壤、糞便、禾草及空氣中到處存在。在溫度較高、溼度大、通風不良的條件下發生率高。生長速度明顯高於香菇菌絲，毛黴菌絲體每日可延伸3釐米左右。
毛黴在香菇菌絲體培養期間侵染時，蔓延速度快，數日內便能佈滿基質，而受害的香菇菌絲則生長緩慢，步履艱難，儘管終仍能伸達基質各處，但香菇菌絲已無正常濃白色，而是呈灰黃色。
發生的主要原因是基質中使用了黴變的原料，接種環境含毛黴孢子多，在悶溼環境中進行菌絲培養等等。防治方法同木黴。
四、蟎類
蟎類包括紅蜘蛛、菌蝨。其發生環境主要潛藏在廄肥、飼料和培養料內，雞窩畜舍，穀物倉庫或環境條件差，腐殖質豐富的場所，往往有大量的蟎類存在。蟎類非常微小，發生初期常被忽視，一旦爆發易釀成大災。蟎類在香菇生產的各個階段均可能造成為害，取食香菇菌絲體及子實體。
培養基發蟎害後，接種部位的菌種塊不萌發或萌發後菌絲外觀稀疏暗淡，並逐漸萎縮，嚴重時培養料中的菌絲會被全部吃光，造成栽培失敗。
搞好培菌場所的環境衛生，可有效地杜絕蟎害的發生。對發生蟎害的培菌室，在重新使用前用敵敵畏等燻蒸殺蟎。菌絲體培養期間可噴灑1000倍液的三氯殺蟎醇或500倍液的克蟎果較好。子實體培育期間不宜用藥，否則菇體易產生藥害，食用後危害人體健康。
