穗腐病的發生除了跟種植的氣候關係密切外，還跟種植的玉米品種的抗性以及後期的管理有關，玉米穗腐病主要由多種病原菌浸染引起的，常發於果穗上。病菌種子、病殘體上越冬，為初浸染病源；病菌主要從傷口侵入（玉米螟、雙斑長跗螢葉甲等害蟲的侵害會加劇發病），病菌分生孢子借風雨傳播。溫度在15℃～28℃，相對溼度在75%以上的“低溫高溼”條件易於病菌的浸染和流行（同時也會有較重的頂腐病發生）；成熟後期和儲藏過程中，高溫多雨時也易發生整個果穗或果穗上部腐爛。
