軟腐病引起的爛果病果初生水浸狀暗綠色斑，後變褐軟腐，具惡臭味，內部果肉腐爛，後果皮變白，果實失水後脫落或掛在枝上。軟腐病屬細菌性病害，菜農可用綠亨六號加葉枯唑噴霧預防。
疫病引起的爛果疫病從辣椒苗期到結果期都有發生，是造成辣椒花、葉、果凋落的主要病害。由疫病引起的爛果多數從蒂部開始，發生初期病部產生水漬狀暗褐色斑點，病部和健部有明顯的界限，後迅速變褐軟腐；溼度大時表面長出白色黴層，果實幹縮後殘留在枝上，不易脫落。菜農應加強田間管理，增強通風透光，防止溼度過大，並使用64%惡霜·錳鋅或烯醯嗎啉噴霧預防。
炭疽病引起的爛果病斑初呈水浸狀黃褐色，邊緣褐色，中央灰褐色，斑面有隆起的同心輪紋，常密生小黑點。潮溼時，病斑表面溢位紅色黏稠物；乾燥時，病部幹縮成膜狀，常開裂露出種子，它在整個結果期都有發生，菜農可用70%甲基硫菌靈混加咪鮮胺等噴霧預防。
