施用有機肥對提高作物產量和品質有重要作用。然而，隨著科技進步和土壤肥力不斷下降，過多施用有機肥已產生許多不良後果，不僅造成土壤鹽分累積增加，而且對土壤容重、有機質、團聚體和微生物都帶來不良影響，不利作物正常生長。為高效合理施用有機肥，要注意以下三點：
一要選擇優質有機肥。目前施用商品有機肥的越來越多，但商品有機肥質量普遍較低，有些甚至摻雜城市汙泥、生活垃圾等，根本達不到有機質含量標準。即使是一些買來的雞糞，也有不少摻雜泥土。因此，生產中一定要積造和選用優質、無汙染有機肥並充分腐熟。如需購買商品有機肥，應選用正規大廠家生產的。
二要嚴格控制施肥量。一般情況下，每畝每季菜地控制量為純雞糞1500-2000千克或優質餅肥50-100千克，充分腐熟優質人畜糞或土雜肥3500-4000千克。果實類和塊莖類蔬菜作物需肥量較大，可取其上限;而綠葉菜類作物需肥量相對較小，可取其下限。
三要配合生物肥施用。生物肥中生物菌能加速有機肥中有機物分解，使其更利於作物吸收，同時能將有機肥中有害物質分解轉化，避免其對作物造成傷害。一般在基施有機肥時，可每畝地配合施入生物肥150-200千克;作追施時，可每畝每次配合施入生物肥20-25千克。
