隨著菜籃子工程的發展，食用菌的需求量也相應加大，但菇棚內害蟲危害給食用菌發展造成很大障礙。為緩解這一矛盾，現介紹菇棚內的主要害蟲及防治方法。
1、菇蠅
幼蟲又稱菌蛆，主要取食子實體造成隧道而影響品質，且造成的傷口還很易被病菌感染而腐爛。防治菇蠅在不同時期應採用不同方法。此菇前有菌蛆大量發生，可用敵敵畏按0．90千克／100平方米的量進行燻蒸，同時在每個培養塊上再噴0．15千克的1％氯化鉀或氯化鈉溶液(可用5％食鹽水代替)；出菇後有菌蛆為害可噴魚藤精、除蟲菌酯，菸鹼等低毒農藥。(菸鹼可自制：取0．50千克煙梗，加水5千克煮沸後取溶液噴灑)。此外還應加強通風，調節棚內溫溼度來惡化害蟲生存環境，達到防治其為害的目的。
2、菇蚊
菇蚊以幼蟲期為害最大，除在培養料表面蛀食外，有的還結網罩住菇蕾，使菇體不能正常生長。防治方法：採收後噴500--800倍的敵百蟲，同時在菇棚門和視窗處還要加上尼龍紗以防成蟲飛入產卵、繁殖為害。
3、菌蝨
是一種蟎類，個體很小，爬行較快，主要取食子實體和菌絲造成危害。防治時首先應杜絕蟲源侵入菇棚，因其主要來源於倉庫、飼料間的各種飼料裡，所以利用倉庫，雞舍等作為養菌室時要徹底消毒，並用石灰刷牆，使用前再用敵敵畏燻蒸1次；培養期間發現菌蝨可用棉球沾50％敵敵畏懸掛燻蒸或噴施1％硫酸尼古丁溶液，也可用豬骨頭等帶腥味的東西噴上亞硫磷等農藥後放在培養塊附近，把菌蝨引誘上去，再取出後燒掉或用開水燙死。
4、線蟲
線蟲是一種無色的小蠕蟲，體形極小，僅1毫米左右。幼蟲侵害菌絲體和子實體，開始時菌蓋變黑，以後整個子實體全變黑腐爛並有黴臭味。防治方法：蒸料時要使蒸汽充分接觸培養料，以殺死全部線蟲。出菇後，可用50毫克／千克的硫化鋅噴施培養塊來防治其為害。
5、跳蟲
又名菸灰蟲。它具有靈活的尾部，彈跳自如，體具蠟質，不怕水。常分佈在菇床表面或潮溼的陰暗處咬食子實體。出菇前發生可用1：1000倍的敵敵畏加少量蜜糖誘殺。或用有機磷製劑塗於地瓜片上進行誘殺。出菇後一般不能直接使用農藥，此時可利用新鮮桔皮0．25--0．50千克切成碎片，用紗布包好榨取汁液，再加入0．50千克溫水之後用1：20的比例噴施2--3次，防跳蟲有效率達90％以上。
6、蛞蝓
俗稱鼻涕蟲，系軟體動物，身體裸露，無外殼。其畏光怕熱，白天躲在磚、石塊下面及土縫中，黃昏後陸續出來取食為害，天亮前又躲起來。防治方法：可用15--20倍氯化鈉溶液地面噴灑驅除成蟲。晚上9--10點鐘是它們集中活動時期，這時可進行人工捕捉。
7、薊馬
成蟲黑色，體小，身體略扁，複眼突出，若蟲桔紅色。其主要吸取菌體汁液，嚴重時可導致菌體萎縮。防治方法：用40％樂果乳劑1500--2000倍液噴，或90％敵百蟲、50％馬拉硫磷1000--1500倍液噴霧，防效可達80％--90％。
8、螻蛄
用毒餌誘殺效果最好。其配方為敵百蟲50克，米糠或麥麩1500克炒香，糖50克，白醋250毫克充分混合後撒於地面上，螻蛄、蚊類食後立即死亡。
9、其它害蟲
偽步行蟲、蛀板蟲、四斑麗鉀等可用魚藤精500--800倍液噴霧或80％敵敵畏1000--1500倍液噴霧都可取得較好防效。白蟻是南方一大害蟲，其主要為害茯靈等菌類。挖巢滅蟻是避免或減少白蟻為害的有效方法。另外還可用臭椿樹枝法即將菇棚周圍挖一小溝，把新鮮臭椿樹枝均勻地放在溝內，用土蓋上，對白蟻有很強的驅避作用。
