危害症狀：棉籽發芽後受侵染，可在土中腐爛。子葉上病斑黃褐色，邊緣紅褐色，上面有橘紅色粘性物質，即病菌分生孢子。幼莖基部發病後產生紅褐色梭形條斑，後擴大變褐，略凹陷，病斑上有橘紅色粘性物。鈴上病斑初為暗紅色小點，以後逐漸擴大並凹陷，中部變為灰褐色，上面也有橘紅色粘性物質。病鈴腐爛可形成僵瓣。
棉苗炭疽病主要危害幼根，引起苗猝倒和幼苗基部潰瘍，常與立枯病和紅腐病混合發生，造成缺苗斷壟，甚至毀種。危害特點：①棉籽在土壤中受侵害，呈水漬狀腐爛，不能出土而死亡。②幼苗發病莖基部或稍偏上部產生紅褐色條紋，逐漸擴充套件成條形病斑，稍凹陷，嚴重時失水縱裂，幼苗萎蔫死亡。③子葉受害邊緣產生紅褐色半圓形病斑。乾燥時，病斑受抑制，邊緣紫紅色；潮溼時，病斑擴充套件至全葉，造成子葉枯死早落。
