木瓜樹要進行適當的修剪，一般都會把木瓜樹的病枝、弱枝修剪掉，保留一些健康的枝兒。一般把木瓜樹修剪成杯狀，有的修剪成內空外圓狀。木瓜樹修剪以後，才能健壯成長，開花和結果才能得到大幅度的提高。在為木瓜樹修剪時，要注意修剪的時間、修剪的工具和修剪枝葉、修剪促果等因素。植株在修剪時要選擇在冬末或早春時進行修剪，使用消毒過的鋒利的專用工具修剪，修剪掉患病、枯死等無用的枝條，並適當修剪以促果。
