甜椒畸形果是一種生理病害，主要是由於甜椒在花芽分化或開花時遇上了惡劣的天氣條件，如溫度過高或過低，甜椒的花芽分化不良，或甜椒的花受精不良，或者是本來就沒有發育完全引起的。
秋季在甜椒開花坐果時，溫度不宜過高。如果大棚內的溫度超過35℃或者是32℃連續2小時以上，甜椒就出現授粉或受精不良的情況。春節前後要注意避免大棚內的氣溫及地溫過低，影響甜椒坐果，噴施新高脂膜可促進春節前後甜椒正常坐果。
甜椒缺乏硼、鈣等元素會導致畸形果，因此要注意噴灑含有硼、鈣等元素的葉面肥配合辣椒壯蒂靈，增強各種辣椒植株營養匹配功能，果蒂增粗，防止落葉、落花、落果，發育快、著色早、果肉厚、色澤鮮豔、辣味香濃。
植株生長過旺，出現畸形果的機率會增大，可通過噴灑促花王3號抑制主梢瘋長，促進花芽分化，多開花，提高花粉受精質量，多開花、多坐果，防落果，促發育。
