長期施用化肥的蔬菜，其莖葉等可食部分被硝酸鹽嚴重汙染，蔬菜中硝酸鹽的含量倍增。用化肥生產的新鮮蔬菜，但實際上這種蔬菜硝酸鹽的含量超過標準，在堆積貯藏過程中黴菌容易變質。蔬菜土壤長期施用硫酸銨化肥，破壞土壤結構，使土壤板結。經常施用化肥會造成土壤的酸化危害，只能增加土壤中硫酸根離子和氯離子的含量。
一、使蔬菜硝酸鹽的含量倍增
長期施用化肥的蔬菜，特別是氮肥過量生產的“氮肥蔬菜”，其莖葉等可食部分被硝酸鹽嚴重汙染，蔬菜中硝酸鹽的含量倍增，硝酸鹽容易在人體中恢復為亞硝酸鹽，亞硝酸鹽是劇毒物質，可引起人體細胞缺氧。孩子長期吃這種蔬菜，智力下降，誘發癌症，危害很大。因此，一些已開發國家現在明確規定氮肥蔬菜禁止上市，確保消費者利益。
二、使蔬菜硝酸鹽的含量超超標
用化肥生產的新鮮蔬菜，看起來像莖的嫩葉肥，不知情的人認為質量好，但實際上這種蔬菜硝酸鹽的含量超過標準，在堆積貯藏過程中黴菌容易變質，有毒物質的含量增加。據測定，在冬春儲存過程中，施氮肥的白菜比施農家肥的白菜腐爛損壞率高20%以上，其中硝酸鹽含量也會翻倍。
三、土壤板結化
1、蔬菜土壤長期施用硫酸銨、硫酸鉀和含氮化肥，破壞土壤結構，使土壤板結，失去柔軟性和彈性，降低通水效能。長期施用化肥，土壤膠體上的鈣離子不斷更換，在雨水和灌溉水的沖洗下，硫酸銨、氯化鈣被沖洗到土壤下層，導致耕作層缺鈣，破壞土壤結構，使土壤板結，肥力下降，蔬菜生長勢差，產量下降。
2、由於良好的土壤結構，除了含有大量有機質外，一般含有豐富的鈣，缺鈣的土壤結構更好，不固定，容易破壞，只有含有一定鈣的土壤，鈣水穩定性團粒結構才是理想的土壤，能夠生產出高產質量的蔬菜。
四、土壤酸化
1、經常施用化肥會造成土壤的酸化危害，硫酸銨、氯化銨、氯化鉀、過磷酸鈣等酸化肥在連年大量施用蔬菜地後，會使土壤中殘留大量的酸類物質，使中性土壤酸化，酸性土壤更酸化，破壞土壤微生物區系，不利於大部分蔬菜的正常生長。
2、長期施用化肥，特別是連年多次施用硫酸銨、硫酸鉀、氯化鉀等，只能增加土壤中硫酸根離子和氯離子的含量，這兩種離子對土壤是有害的離子，不僅對蔬菜的生長有害，還對土壤產生二次鹽的汙染，破壞土壤結構，影響蔬菜對其他營養元素的吸收。
3、蔬菜地長期過量施用化肥，不僅會對蔬菜造成危害，還會妨礙蔬菜對其他營養元素的吸收，造成缺素症。例如，過量施用含氮化肥會導致蔬菜缺鈣。過多的硝態氮會導致鉬缺失。過多的鉀會降低鈣、鎂和硼的有效性。過多的磷會降低鈣、鋅和硼的有效性。
