科屬不同：薄荷：薄荷為塔花族、薄荷屬多年生草本植物。藿香為荊芥族、藿香屬多年生草本植物。
莖葉區別：薄荷莖直立，高30-60釐米。藿香莖直立，高50-150米。
花果區別：薄荷花小呈淡紫色。藿香花冠淡紫藍色。
功效不同：薄荷適用於感冒發熱、頭痛、等症狀。藿香適用於溼阻中焦、脘腹脹悶等症狀。
一、科屬不同
1、薄荷：薄荷為植物界、被子植物門、雙子葉植物綱、合瓣花亞綱、管狀花目、脣形科、野芝麻亞科、塔花族、薄荷屬多年生草本植物。
2、藿香：藿香為植物界、被子植物門、雙子葉植物綱、合瓣花亞綱、管狀花目、脣形科、野芝麻亞科、荊芥族、藿香屬多年生草本植物。
二、莖葉區別
1、薄荷：莖直立，高30-60釐米，下部數節具纖細的鬚根和水平匍匐根狀莖，銳四稜形，具四槽，上部被倒向微柔毛，下部僅沿稜上被微柔毛，多分枝，葉片長圓狀披針形，長3-5釐米，寬0.8-3釐米，先端銳尖，基部楔形至近圓形，葉柄長2-10毫米，腹凹背凸，被微柔毛。
2、藿香：莖直立，高50-150米，四稜形，粗達7-8毫米，上部被極短的細毛，下部無毛，在上部具能育的分枝，葉心狀卵形至長圓狀披針形，長4.5-11釐米，寬3-6.5釐米，向上漸小，先端尾狀長漸尖，葉柄長1.5-3.5釐米。
三、花果區別
1、薄荷：薄荷花小呈淡紫色，脣形，花後結暗紫棕色的小粒果，具小腺窩，花期7-9月，果期10月。
2、藿香：藿香花冠淡紫藍色，長約8毫米，成熟小堅果卵狀長圓形，長約1.8毫米，寬約1.1毫米，花期6-9月，果期9-11月。
四、功效不同
1、薄荷：薄荷味辛、性涼、歸肺、肝經，有發散風熱、清利咽喉、透疹解毒、疏肝解鬱和止癢等功效，適用於感冒發熱、頭痛、咽喉腫痛、無汗、風火赤眼、風疹、皮膚髮癢、疝痛、下痢及瘰癧等症，外用有輕微的止痛作用，用於神經痛等。
2、藿香：藿香味辛，性微溫，歸脾、胃、肺經，有化溼、解暑、止嘔的功效，適用於溼阻中焦、脘腹脹悶、嘔惡納呆、暑溼、溼溫、胃逆嘔吐等症。
