作用機理不同：百菌清可以和病菌細胞中的三磷酸甘油醛脫氫酶發生反應，使其失去活性，並破壞病菌細胞的新陳代謝，最終導致病菌失去生命力，多菌靈可以和細胞核中微管蛋白的亞基結合成複合體，抑制細胞的有絲分裂，從而起到殺菌作用。
殺菌廣譜性不同：百菌清主要可以防治鞭毛菌亞門、半知菌亞門等病菌引發的病害，多菌靈主要可以防治子囊菌亞門、擔子菌亞門、半知菌亞門引發的病害。
一、作用機理不同
1、百菌清：能夠與病原真菌細胞中的一種酶（三磷酸甘油醛脫氫酶）發生反應，並與該酶中含有半胱氨酸的蛋白質相結合，使其失去活性，從而讓病菌細胞的新陳代謝因受到破壞而失去生命力。
2、多菌靈：屬於苯並咪唑類殺菌劑，可阻止病菌菌絲的生長，對菌體細胞的作用類似秋水仙素，能與細胞核中微管蛋白的亞基結合成複合體，阻礙細胞分裂時紡錘絲的正常形成，抑制細胞有絲分裂，從而起到殺菌效果。
二、殺菌廣譜性不同
1、百菌清：防治物件以鞭毛菌亞門、半知菌亞門等病菌引發的病害為主，比如疫病、霜黴病、晚疫病、葉黴病、葉斑病、潰瘍病、黑斑病、斑枯病、炭疽病、茶餅病、網餅病等。
2、多菌靈：防治物件以子囊菌亞門、擔子菌亞門、半知菌亞門等病菌引發的病害為主，比如灰黴病、菌核病、赤黴病、輪紋病、炭疽病、白粉病、黑穗病、黑星病、黑斑病、褐斑病等，對卵菌、鏈格孢菌、長蠕孢菌等病菌無效。
三、殺菌方式不同
1、百菌清：屬於保護性殺菌劑，無內吸作用，施藥後可在植物的葉片、果實等部位的表面形成一層緻密的膜，通過觸殺作用殺滅病菌。對病害起到預防作用，持效期只有7天左右。
2、多菌靈：屬於高效、低毒、內吸性廣譜殺菌劑，具有保護、治療作用，植物吸收後會在其體內傳導至其他部分，從而達到持續殺菌的效果。持效期一般可超過30天，用於土壤處理或拌種時，持效期更長。
四、使用方法不同
1、百菌清：無內吸性，在生產上的使用方法以噴霧、薰煙為主，對多種病害具有保護作用，通常在作物發生病害之前使用。
2、多菌靈：使用方法有噴霧、拌土、浸種、浸根、灌根等，使用範圍較廣泛。
