真菌門、擔子菌亞綱、木耳目、木耳科、木耳屬。木耳屬真菌學分類屬擔子菌綱,木耳目,木耳科。黑木耳屬擔子菌門傘菌綱木耳目木耳科木耳屬。屬於真菌門,擔子菌亞綱,木耳目,木耳科,木耳屬。木耳屬真菌學分類,本目科。