病菌除以菌絲體和分生孢子在病殘體上及病組織外越冬外，西瓜種子內、外均可帶菌。種表的分生孢子可存活15個月以上，種內的菌絲體經21個月仍具生命力，種子帶菌率與種瓜染病程度有關，無病症的瓜種不帶菌；病菌在室內乾燥儲存的病葉上可存活24個月，在大田或旱地土表、潮溼土壤內的病殘體上可存活12個月以上。因此，帶菌的種子和土表的病殘體是該病主要初侵染源。甜瓜葉枯病主要是通過種子及病原體帶菌傳播的。
