在水稻糧堆儲存的最初階段，溫度應控制在較低的水平。這是因為新收穫的水稻含有一定的水分，而且儲存過程中還會有一些代謝反應，導致糧堆內產生一定的熱量。為了防止發生自燃的危險，水稻糧堆的溫度應保持在30攝氏度以下。
在水稻糧堆的中期儲存階段，溫度可以逐漸升高。此時，水稻已經完成了代謝反應，水分也逐漸減少。水稻糧堆的溫度可在30-40攝氏度之間，以適應水稻的正常儲存過程。然而，如果溫度超過40攝氏度，就需要引起警惕了。因為超過40攝氏度後，水稻內部溼度較大，容易滋生黴菌，從而導致黴變的發生。
在水稻糧堆的後期儲存階段，溫度應逐漸降低。此時，水稻已經儲存了一段時間，水分含量更低。為了避免水稻潮溼和蟲害滋生的風險，水稻糧堆的溫度應儘量保持在30攝氏度以下。特別是在炎熱的夏季，要格外注意控制水稻糧堆的溫度，防止糧食質量受損。
