用殺菌劑灌根是防治農作物根部病害的一項簡便易行的有效措施。但灌根時要小心注意以下幾點。
藥物選擇要合理：選擇針對性強，並且具有較高治病功能的殺菌劑，不要盲目用藥，儘可能地減少浪費，防止延誤防治時機，降低藥效。
使用濃度要恰當：殺菌劑儘量與氨基酸類液肥或具有刺激根系發育的激素混合施用，藥液的濃度以不高於1500倍為宜，防止造成土壤含水量（作物根系周圍土壤水分濃度）過高。灌根後7天內棚內勿澆灌大水，否則會使藥液濃度降低，影響殺菌防病效果。
土壤生物要兼顧：選擇的殺菌劑施入土壤後不能破壞土壤內部的生物群體和生態平衡。如已使用菌肥的棚室，儘量不用殺菌劑灌根防病。如果作物病害開始發生，且呈迅速漫延趨勢，則另當別論，即不要考慮菌肥問題，應立即實行灌根，減少損失。
藥害補救要及時：灌根後如發生藥害反應，如出現植株萎蔫、黃化、滯長等症狀，應及時進行補救。補救措施：迅速澆一次清水，以稀釋土壤中藥液的濃度；及時用生根劑或愛多收或雲大120進行噴淋同時灌根，以緩解藥害，促使根系儘快恢復生機，讓植株轉入正常生長。
