南方水稻黑條矮縮病是一種由白背飛蝨傳毒的病毒病，危害重、損失大，防治難度大，水稻前期是稻株最易感病時期，尤以中、晚稻發病嚴重，因此要從幾個方面做好防控。
1、選用抗（耐）病品種、組合。
2、藥劑浸種或拌種。浸種時，用強氯精或使百克消毒。先將稻種用清水預浸12小時（雜交稻種預浸6～8小時，常規稻種預浸12小時），撈起滴乾水後，再放入300～400倍85%強氯精藥液消毒12小時，撈起用清水洗淨後催芽；或用25%使百克2500倍藥液浸種消毒12～24小時，然後撈起（可不清洗）直接催芽。種子催芽露白後，用10％吡蟲啉可溼性粉劑15～20g先與少量細土或穀糠拌勻，再均勻拌1kg(以幹種子計重)種子，即可播種。（此法也可預防稻瘟病、惡苗病、細菌性條斑病、稻曲病、黑粉病等多種水稻病害。）
3、防蟲網全程育秧。水稻播種後用20～40目防蟲網或15～20克/㎡的無紡布全程覆蓋育秧，防止秧苗期傳毒媒介傳播病毒。
4、抓好秧田期稻飛蝨、葉蟬的防治工作。在秧苗2～7葉期，做好稻飛蝨、葉蟬防治，秧田每隔5～10天防治1次，秧苗插（拋）前5-7天與防治其他病蟲一起噴施“送嫁藥”。防治藥劑輪換選擇吡蟲啉、噻嗪酮、吡蚜酮等。
5、大田防治措施：移栽到大田後7—10天用藥防治1次，10天后再用藥1次，可選擇用噻嗪酮、醚菊酯、吡蟲啉、吡蚜酮等藥劑。田間發現感病植株，要及時拔除或踩入泥中，並從健株上掰櫱補苗。對已經發病的田塊，在發病初期及時用抗病毒製劑寧南黴素、病毒A等加入葉面肥和殺稻飛蝨的藥劑中混合噴施。
6、其他水稻秧田病蟲害防控措施。防治稻癭蚊在晚稻秧“一葉一針”期和大田移植後5-7天，畝用10%益舒寶或益舒豐1.5公斤，混細土15公斤撒施，田間保持淺水層7天左右；防治三化螟採用人工摘除卵塊，在蟻螟孵化盛期噴藥防治；防治苗瘟可加強監測，在發病初期及時施藥防治；防治福壽螺可採用人工摘除卵塊、撿拾成螺、放鴨吃螺等方法，也可用殺螺劑防治；防治雜草可用除草劑進行播種前苗床處理或播秧後水稻1-2葉期施用除草劑；防治鼠害用敵鼠鈉鹽或殺鼠醚配置餌劑，用“毒餌站”控鼠技術進行防控。
