泥鰍苗下池前2小時應全池潑灑抗應激藥物，並開啟魚塘增氧機，以平衡水體上下層溫度和溶氧。為防治魚苗捕撈、搬運、吊水過程中出現的機械損傷和因應激反應產生的體表滲透性出血病及感染，魚苗下池前需要做藥浴消毒處理。藥浴消毒應選用對魚苗刺激性較小的藥物，如聚維酮碘，高錳酸鉀等。魚苗藥浴需要嚴格控制藥液濃度和藥浴時間，並做到隨時觀察，發現異常情況應及時撈出魚苗，避免用藥不當造成的魚苗傷亡。用一定濃度的EM菌液，對泥鰍苗進行藥浴後下池，對外傷感染恢復有一定療效，EM藥浴期間要求水質指標良好。若因特殊情況無法做到藥浴後下池，則應在魚苗下池後連續3天使用低劑量消毒藥液全池消毒。魚苗下池應儘量選擇在魚塘上風口開闊區域的深水處，晴天上午或傍晚下池，避開高溫、強光時段和陰雨天氣下池。下池當天不用喂料，使其適應魚塘水質環境。下池第二天開始少量投喂，並隨時巡池觀察魚苗採食及活動情況。下池一週後進入正常餵養階段。土壤以保水力強的壤土或粘土為好，沙土最差。同時要求土質肥沃疏鬆、腐殖質豐富、耕作層土質呈酸性或中性為好。泥層深20釐米左右，乾涸後不板結，容水量大，不滯水，不滲水，保水力、保肥力較強，使田水保持較長時間，所需水深水溫相對較為穩定，有利於天然餌料的繁殖。成魚養殖場應提前做好清塘肥水工作，保持水位1米以上，水體透明度20～30釐米。
