外形上雜交種子細而長，常規種子橢圓形。雜交種籽粒細長，質量輕，常規種籽粒短圓，較雜交種重一些。雜交種子飽滿度差，千粒重低，色澤也不鮮亮，稻殼外有一個黑點。雜交種子米質光澤度較差，常規稻的米質有油性，而光澤度較好。雜交水稻不如常規水稻種子飽滿，秕粒、裂粒（殼）粒較多。
