南方水稻黑條矮縮病應採取以“農業防治為基礎、‘治蝨防矮’為重點、應急補救為補充”的綜合防治策略。關鍵是“治蝨防矮”。抓好秧田期和本田初期防治關鍵時期，在傳毒媒介白背飛蝨傳毒之前將其消滅，控制病毒傳播，並輔以其他措施，達到防控南方水稻黑條矮縮病的目的。
一、推行農業防治
1、清除雜草。用除草劑或人工清除的辦法對秧田及大田邊的雜草進行清除，減少飛蝨的寄主和毒源。
2、避免種植本地區上年度南方水稻黑條矮縮病重發品種。
3、推廣防蟲網覆蓋育秧。即播種後用40目聚乙烯防蟲網全程覆蓋秧田，阻止稻飛蝨遷到秧苗上傳毒為害。
4、適當增施磷鉀肥，加強肥水管理，提高植株抗病能力。
5、適當加大播種量，合理密植或預留備用苗。
二、實施“治蝨防矮”
採取“抓前期保後期，抓秧田保大田”的“治蟲防病”策略，重點抓好秧田和本田分櫱期之前白背飛蝨的預防和控制工作。
1、種子處理。在水稻播種時實行藥劑浸種或拌種，減輕白背飛蝨的危害。浸種濃度為10％優質吡蟲啉300—500倍液，浸種12小時；拌種處理要求在種子催芽露白後用10％高滲吡蟲啉可溼性粉劑10g先與少量細土或穀糠拌勻，再均勻拌1kg(以幹種子計重)種子即可播種。
2、秧田避蟲。秧田應遠離感病稻田和玉米田；採用防蟲網覆蓋保護或集中保護育秧。
3、健身栽培。水稻田翻耕犁耙減輕病蟲源技術，適時播種，培養無病蟲壯秧；合理密植，歷史發生區適當加大播種量，移栽時剔除疑似病株，田間發現感病植株要及時拔除或踩入泥中，減少本田毒源，並從健株上掰櫱補苗，重病田要及時翻耕改種；及時排水晒田，避免重施偏施氮肥等，創造不利於白背飛蝨發生的生態環境，減輕病蟲為害。
4、藥劑防治。藥劑防治應本著治早、速效與持效的原則。
①、秧苗防治。在秧苗一針一葉期用噻嗪酮或吡蚜酮兌水噴霧；在移栽時實行帶藥移栽，施“送嫁藥”或移栽時浸秧。
②、大田防治。在拔節期前，如遇白背飛蝨遷入峰，且帶毒率高，選用噻嗪酮、吡蚜酮、醚菊酯、吡蟲啉等藥劑防治白背飛蝨。
三、加強田間檢查，採取應急補救措施
1、對發病秧田，要及時剔除病株，並集中埋入泥中，移栽時適當增加基本苗。
2、對大田發病率2%～20%的田塊，及時拔除病株（叢），並就地踩入泥中深埋，然後從健叢中掰櫱補苗。對重病田及時翻耕改種，以減少損失。
