採收後的火龍果果實屬於呼吸率低的水果，並且由於果皮厚又有蠟質保護，極耐貯運。在5～9℃的低溫中，新鮮摘下的火龍果不經擠壓碰撞，儲存期可超過一個月；在25～30℃的室溫狀態下，保質期可超過2個星期。
在常溫下可儲存15天以上，若裝箱冷藏，貯藏溫度在15℃左右，儲存時間更可長達一個月以上。但在高溫季節，火龍果收穫後必須置於陰涼處晾涼散熱，並進行冷藏以利於保鮮。
火龍果是熱帶水果，最好現買現吃，有朋友習慣將切開後吃剩的一半火龍果放在冰箱裡儲藏，其實這種儲存方法是不科學的。由於長期生長在熱帶、亞熱帶地區，受生長氣候條件影響，火龍果害怕低溫，放在冰箱裡之後容易被凍傷，果皮會發生凹陷，出現一些黑褐色的斑點。不僅營養成分遭到破壞，還很容易變質，再過幾天，果肉的顏色就會變成褐色，並開始腐爛。
因此，像火龍果等熱帶水果最好放在避光、陰涼的地方貯藏，如果一定要放入冰箱，應置於溫度較高的蔬果槽中，儲存的時間最好不要超過兩天。從冰箱取出後，在正常溫度下會加速變質，所以要儘早食用。
對於較為成熟的火龍果，買回來之後最好放在陰涼避光的地方，反之，則可放在室溫下催熟。
