多發生在苗期，植株矮小，分櫱少，生倒根。
症狀表現：水稻黑條矮縮病在水稻整個生長期內都可能發生。秧田期，感病秧苗葉片僵硬直立，葉色墨綠，根系短而少，生長髮育停滯；水稻分櫱期，感病植株明顯矮縮，部分植株早枯死亡；秧苗葉片僵硬直立，根系短而少。分櫱期嚴重矮縮，高位分櫱。水稻拔節時期，感病植株嚴重矮縮，高位分櫱、莖節倒生有不定根，莖稈基部表面有縱向瘤狀乳白色凸起；穗期，植株嚴重矮縮，不抽穗或抽包頸穗，穗小顆粒少，直接影響水稻產量。
水稻會比正常的植株矮小一半，分櫱情況明顯，葉片短而僵硬，葉尖扭曲，葉子的顏色比正常水稻深，剛長出的葉片或者葉鞘能夠看見和葉脈平行的黃白色虛線狀點。患上矮縮病後水稻的根系發育失常，養料的供應失常，致使水稻逐漸發黃病死。在秧苗期和分櫱期感染上矮縮病後水稻的生長高度為正常水稻植株的1/3～1/2，葉片不能伸展，收穗不能正常進行。
