蜜源：龍眼蜜的蜜源是龍眼樹的花，百花蜜的蜜源是多種花。
營養：百花蜜中營養成分更豐富，龍眼蜜蛋白質和礦物質等含量高。
外觀：龍眼蜜結晶後為顆粒粗的琥珀色，百花蜜則為顆粒細膩的淺琥珀色。
口感：龍眼蜜口感較甜且帶酸味，百花蜜口感甜潤。
價格：百花蜜價格高於龍眼蜜，特別是中蜂採集的土蜂蜜。
一、蜜源不同
龍眼蜜和百花蜜在蜜源上完全不同，其中龍眼蜜是指蜜蜂收集龍眼樹花蜜釀造的單花蜜，百花蜜是蜜蜂收集多種花蜜釀造的多花蜜，實際上龍眼產區的百花蜜中可能含有龍眼蜜。
二、營養不同
龍眼蜜和百花蜜在營養上有些不同，但主要成分都是葡萄糖和果糖，還含有蔗糖、氨基酸、維生素、礦物質等，區別在於百花蜜中營養成分更豐富，而龍眼蜜含有更多的蛋白質和鐵、鉀等礦物質。
三、外觀不同
龍眼蜜和百花蜜在外觀上有些不同，其中未結晶時兩者都是琥珀色的粘稠液體狀，但龍眼蜜相對比較難結晶，偶有結晶多為顆粒粗的琥珀色，而百花蜜容易結晶，結晶後呈顆粒細膩的淺琥珀色。
四、口感不同
龍眼蜜和百花蜜的口感不同，其中龍眼蜜有濃郁自然的龍眼香味，口感比較甜，還有龍眼果實特有的酸味，而百花蜜的天然花香味濃郁，味道甜潤，有輕微的酸味。
五、價格不同
龍眼蜜和百花蜜的價格差異很明顯，其中龍眼蜜一般為每斤30~50元，少數質量好的龍眼蜜也可以賣到每斤60元以上，百花蜜一般每斤為40~60元，但中蜂採集山野百花釀造的土蜂蜜多為每斤100~300元。
