1、培養室應事前滅菌，即用石灰粉刷牆壁，用甲醛和高錳酸鉀混合進行燻蒸消毒；培養過程中，每週用5%石炭酸溶液噴灑牆壁、空間和地面，連續噴2次，以除蟲滅菌。
2、溫度和溼度要適宜。培養室溫度要先高後低。菌絲萌發時，溫度在25～28℃為宜。10天后，溫度降至22～24℃，不超過25℃。室內空氣相對溼度控制在55%～70%。後期如雨水多，在培養場地撒些石灰，以降低空氣相對溼度。
3、光線要偏暗。在菌絲體生長階段，培養室的光線要接近黑暗，門窗用黑布遮光或糊上報紙或瓶(袋)外套上牛皮紙、報紙進行遮光，有利於菌絲生長。當菌絲髮滿瓶(袋)時，要清除培養室門窗的遮光物，增加光照3～5天；如光線不足，可用電燈照射，以補充光源，來刺激黑木耳原基形成。
4、空氣要新鮮。黑木耳是好氣性菌類，在生長髮育過程中，要始終保持室內空氣新鮮，每天通風換氣1～2次，每次30分鐘左右，促進菌絲的生長。第五，及時檢查雜菌，防止汙染。在菌絲培養過程中，料袋常有雜菌侵染，要及時進行檢查，如發現有菌斑要用0.2%多菌靈或1%甲醛溶液注射菌斑，然後貼上膠布，控制雜菌的蔓延。
