鮮菇一經採收，須整齊地排放在小型矮裝容器內，並儘快送往低溫車間進行處理。容器的長、寬、高分別為40釐米、８釐米、16釐米，其形狀如週轉箱，底部為實板，四周預設直徑為２～３釐米的圓孔，底下四角均有內縮插接角塊，以便於碼高多層。鮮菇採收時順頭排放，不可使頭尾相接，以免造成汙染。低溫車間內的溫度為１℃～３℃，可將普通恆溫冷庫改造後利用。鮮菇成箱搬入車間後分開擺放，不得再碼高多層，以便於菇體充分降溫，該環節對於氣溫高於15℃時採收的鮮菇尤為重要。需要準備的工具為薄片不鏽鋼刀或竹片刀以及小包裝的封口、打箱裝置等。
用小刀將鮮菇基部削淨，去掉泥土、基料等雜物，鱗片多時應一併除去，一般不用水洗，否則會縮短貨架壽命。
待菇體內部降溫至３℃以下時即可分裝。一般可用泡沫質地的材料製作成高５釐米左右的單盒，每盒約裝鮮菇150克。若禁銷塑料包裝，可定製紙質盒。雞腿菇適宜16釐米×10釐米×４釐米規格的包裝，姬松茸適宜15釐米×10釐米×６釐米規格的包裝，真姬菇、楊樹菇等適宜16釐米×８釐米×４釐米規格的包裝。根據鮮菇形態及規格大小確定排放方式，然後封包保鮮膜。最後，將小包裝盒裝入泡沫保鮮箱內，每箱可裝36盒，用透明膠帶封口即成。
另外，短期貯存和運輸時可使用冰塊降溫保鮮或用冷藏車運輸，冷藏溫度控制在１℃～３℃。
