栽培平菇最好發菌(在培養室)和出菇(在發生室)分開。雖然栽培的是同一個品種，也不可—邊出菇，一邊發菌，或者第一批沒出完菇，就栽培第二批，這樣也會影響平菇的產量。原因在於：(1)因為第一批栽培時汙染的雜菌，對下批感染較快，或者第一批栽培時雜菌未表現出來(出現隱性汙染)，第二批表現明顯，汙染率較高。(2)第一批菇散發的孢子和代謝產物，如撥出的一氧化碳和二氧化碳，使菇房內空氣汙濁，影響第二批菇的發菌。正確的栽培方法是：先把第一批出完菇的廢料清理出去，菇房進行通風，全面消毒後再種第二批。
