雞腿菇袋栽發菌栽培與畦式直播栽培比較，具有發菌易檢查、易控制發菌環境的溫溼度、發菌成功率提高等優勢，易於集約化生產。由於雞腿菇菌絲抗逆性較強，不易老化，菌絲可長時間保持活力，因此，只要具備條件，便可大量進行袋栽生產，並使其發好菌，待到合適的季節再安排栽培出菇。發菌可按以下四個具體時期進行管理。一、萌發期的管理此期3～5天，要保持最佳生長溫度，以求迅速恢復生長。菌種在掏出掰碎時，易受傷失水，若遇到高溫（40℃以上）易被燒死，若遇低溫則延遲生長。一般生料栽培溫度可控制在20℃左右，經3～4天，接種點四周長出整齊而濃密的菌絲，即為萌發。此期管理以遮光、保溫為主。生料栽培易出現毛黴，熟料則易出現桔紅色鏈抱黴。所以拌料、操作過程及室內消毒很重要。
二、定植擴充套件期的管理定植擴充套件期也叫封面生長期，約需10天。當菌種萌發後，迅速生長佔領培養料面，成為與雜菌競爭的優勝者，此期菌絲生長旺盛，代謝作用增強，分解基質後二氧化碳增多，需氧量大，管理要點以散熱、通風為主。接種5～7天要倒袋，床栽要揭膜，同時檢查汙染情況，及時處理。通風散熱時間最好在無風空氣沉靜時進行，或在無風晴天進行，為預防雜菌侵入，培養料溫度不高時可免此程式。此期培養料溫度一般比袋外高3℃～5℃，所以袋錶面溫度不可超過25℃，以20℃左右為宜，手摸有涼感為好，有熱感則不好，燙手則發生燒菌現象。
三、安全生長期的管理安全生長期也叫菌絲延伸伸長期，菌絲長滿培養料表面後，向培養料內繼續延伸生長，直到培養料內全部長滿菌絲。若溫度較高，則菌絲生長速度快，菌絲細弱。為獲得粗壯菌絲，此期要通風、降溫。接種5～20天，培養料大量散熱階段已過，雞腿菇菌絲生長旺盛，需氧量多，通風很重要。培養好的菌絲表面潔白濃密，整齊往前伸長；稀疏細弱的菌絲，雖能出菇但產量不高。
四、菌絲成熟期的管理菌絲成熟期也叫菌絲回絲期，當雞腿菇菌絲長滿全部培養料後，菌絲還要繼續生長，表現為顏色進一步濃白。尤其是在安全生長期溫度偏高、菌絲細弱時，更需要繼續生長以使其儘快成熟。此期一般需4～5天，成熟期結束後，菌絲停止生長並開始扭結形成原基。此期是菌絲向子實體轉化的關鍵時期，此期管理的重點：（一）增加光照，去掉遮陽物，用光抑制菌絲生長，促使菌絲扭結；（二）增加溼度，空氣相對溼度為85％以上；（三）降低溫度，增大溫差。以上三個條件如能及時滿足，則能縮短成熟期，否則會延長成熟期和推遲出菇。
